Malby skvrnitých koní se našly v pravěkých jeskyních ve Francii, později byly objeveny v Číně, pochází přibližně z r. 500 př. n. l., v Persii ze 14. stol. a také na různých místech v Evropě. O tom, jak se dostali tito skvrnití koně na americký kontinent, existuje několik teorií. Jedna z nich vypráví, že tito koně byli dovezeni kolem r. 1600 z Blízkého východu nebo Španělska na nákladní lodi do Mexika. O jejich rozšíření na sever se postarali prérijní Indiáni. Přibližně v roce 1730 se dostali až ke kmeni Nez Percé. Tento kmen byl pravděpodobně jediný, který během dobývání Západu Appaloosy držel a choval v jakémsi počtu. Nez Percéové si na nich cenili inteligenci, vytrvalost a skvrnité zbarvení, a proto jim dávali přednost před ostatními koňmi. Prochovávali je do typu, který byl schopen čelit těžkým a tvrdým podmínkám při horském putování. Ponechávali si jen silné a schopné jedince, slabé kastrovali nebo prodávali. Část země, kde Nez Percéové žili, což byl severovýchod Oregonu, jihovýchod Washingtonu a sousedící Idaho, byla ideální pro chov koní. V létě jim poskytovala bohatou pastvu na horských lukách a v zimním období je zase chránily kaňony řek Snake, Palouse a Clearwater. Nez Percéům se líbilo závodit. Jejich dostihy probíhaly na 100 yardů až 12 mil. Díky závodění mohli vyřazovat pomalé kusy.
Soužití s přírodním kmenem vyžadovalo u koní klidnou a citlivou povahu, která u Appaloos přetrvává dodnes. Kombinace vytrvalosti pro dostihy a lov s klidnou, citlivou povahou nutnou pro žití poblíž tábora vedla k vytvoření dokonalého koně.
V r. 1877 po válce Nez Percéů se plemeno málem vytratilo. Nez Percéové v čele s náčelníkem Josephem urazili 1350 mil dlouhý rychlý přesun velice náročným terénem k hranicím Kanady. Materiál, děti, ženy a v patách 5 U.S. armád. Kdyby nebylo telegrafu a výletních parníků na řece Missouri, tak by to stihli.
Náčelník Joseph a Nez Percéové byli obklíčeni v horách Bear Paw v Montaně. Následně byly Appaloosy chované pro obraz Nez Percéů postříleny nebo prodány a začaly se prolínat s jinými plemeny.
V r. 1938 byl založen Appaloosa Horse Club, organizace, která si vzala za své znovu vzkřísit a zachovat toto unikátní plemeno. Dnes je v klubu registrováno přes 600 000 koní.
